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藻类荧光素相似，但不是全然相同，磷虾自己本身并不能生产物质，但它们却可从含有沟鞭藻类的食物中吸取得到这种物质。磷虾的发光器官是一个复杂的器官，可以聚焦光线，亦可由肌肉转动。这种器官精确的运作人类仍未能清楚了解；它们很可能有交配的动机，可能是社交互动的方式之一。一些研究员认为磷虾可能是用荧光来作伪装的用途，用光线来令它们的影子变得明亮如周围的环境，令位处其下方的捕猎者更难注意得到它们。大部分的磷虾均为群行动物，磷虾群的大小及密度因地区和物种的不同而有所分别。南极磷虾就曾有过多达每立方米的水有一万到三万个个体的族群的记录。群行是一种防御的方式，让捕猎者选出一个族群中的个体，这就能减低自己被捕猎的机会。磷虾一般都有昼夜垂直迁移的行为。它们在日间会下潜到较深的水底，而在夜间会上浮至近水面的浅水区。在它们下潜到较深的水底时，它们的活动会减少，似乎是为了减少遭到捕猎的机会及保存更多的能量。一些磷虾的族群亦会在日间在水面觅食和繁殖，但是这样做会更危险，因为这令它们很容易受到捕猎者的攻击。就整体来看，磷虾类幼体的丰度较成体为高，主要分布于夜间表层，而成体则主要分布于五十米以下深度的水层。在水平分布方面，近海的数量大于沿岸，其中又以台湾浅滩涌升流附近之海域数量较丰。一个高密度的族群会引起一些捕猎者如鱼或鸟等的捕猎，尤其是在水面附近的地方，而在那里磷虾是很难可以逃脱的。在受到骚扰时，族群的一些个体会立即蜕皮，遗下外壳，作为一个圈套，分散捕猎者的注意力。磷虾一般可每秒游数公分，前进时是用游泳足作推动力。在有危险时，它们会作出逃避反应，称为虾类逃避反应，是指轻弹起它们的尾节和尾肢，向后快速移动，大型的磷虾如南极磷虾等可达每秒钟往后移动自己身体的十到二十七倍，即约为零点八米每秒的速度。很多研究员据其游泳的方式把成年磷虾分类为游泳生物，即可以自行作出运动的个体。磷虾幼体一般都被当做是浮游动物。磷虾是食物链中一个很重要的元素。南极磷虾直接进食浮游植物，然后把初级生产能量转换为较大动物可吸收的形式，这些较大的动物并不会直接进食浮游植物，而会进食磷虾，从而获得那些能量。一些像北方磷虾这样的磷虾物种所进食的食物均为较小的生物，它们一般是捕食桡足动物和较大的浮游动物。很多其他动物都是进食磷虾的，小至鱼或企鹅，大至海豹或甚至须鲸。在孵化后，它们会经历不同的阶段，有“无节幼虫”、“后无节幼虫”、“短眼柄幼虫
